Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu dipimpin oleh seorang Bupati dan dibantu oleh Wakil Bupati. Bupati Kepulauan Seribu saat ini adalah Junaedi dan Wakil Walikota adalah Muhammad Fadjar Churniawan.
Wilayah Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu memiliki 2 (dua) kecamatan dan 6 (enam) kelurahan. Adapun daftar dari dua kecamatan di Kepulauan Seribu adalah sebagai berikut:
Wilayah Kepulauan Seribu memiliki sejarah yang menarik dari beberapa wilayah Jakarta lainnya. Sebagai wilayah kepulauan, beberapa pulau memiliki jejak sejarah yang berbeda. Misalnya Pulau Kelor yang menjadi benteng pertahanan kolonial VOC pada abad ke-17. Kemudian Pulau Onrust yang menjadi tempat karantina Jemaah haji pada awal abad ke-20.
Dahulu, Pulau Seribu menjadi tempat transit pelaut dari penjuru nusantara. Sehingga, pengaruh ragam budaya terjadi pada masyarakat kepulauan seribu. Salah satunya bisa dilihat dari masyarakat pulau seribu yang disebut sebagai ‘Orang Pulo’, yang memiliki logat serta budaya yang berbeda dari masyarakat di daratan Jakarta.
Kabupaten Administrasi mempunyai tugas membantu Gubernur dalam menyelenggarakan urusan pemerintahan umum di wilayahnya, mengoordinasikan pelaksanaan tugas perangkat di wilayahnya, membina Kecamatan dan Kelurahan serta melaksanakan tugas lain yang diperintahkan Gubernur.